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当海洋生物基因组科研遇上三代测序【第二弹】--海豆芽

本帖最后由 tjbiochipmk 于 2017-7-14 11:33 编辑

  

海豆芽被达尔文誉为“活化石”,该研究同样结合了“2+3”的组装策略,向世人揭秘了腕足动物舌形贝类海豆芽的基因组。在此基础上,研究① 利用系统进化分析明确了海豆芽的分类地位——是软体动物的“近亲”而与环节动物较远;② 利用基因家族分析从基因组学层面修正了海豆芽是“活化石”这一名不副实的观点;③ 鉴于海豆芽与脊椎动物都使用胶原纤维和矿物沉积来完成生物矿化,文章还对其矿化的遗传学机制进行了探索,最终证明二者的矿化机制大不相同,相互独立,是平行进化的例证;④ 同时为冠轮动物的进化研究奠定了重要基础。(图1、图2

     

                                                                           图

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海豆芽分类地位的确立

        

                                                                          图

2

海豆芽基因组进化研究


     海豆芽而言,最需要一提的莫过于其基因组的高杂合率。通常,杂合率高于0.5%的二倍体基因组即称为复杂基因组,而海豆芽基因组杂合率达到大约1.6%之多,对组装提出了不可小觑的挑战。对于高杂合基因组,具有更长读长的三代测序技术更具优势,该研究就是结合了近20X的三代数据用于辅助组装。类似地,2015年发表的菠萝基因组,同样具有较高的杂合率,结合三代技术得到了较好的组装效果。三代测序技术可用于提高其组装质量,对于这一点,三代测序技术意义重大,因为有太多的水生动物(除了鱼类)基因组具有高复杂性。

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